У Одсеку за управљање пројектима финансираних из фондова ЕУ и развојне помоћи обављају се послови који се односе на пројекте финансиране из средстава ЕУ и развојне помоћи у надлежности Министарства: идентификација, организација, спровођење и праћење спровођења пројеката који су одобрени за финансирање из средстава ЕУ и развојне помоћи у складу са релевантним процедурама; предлагање пројеката у складу са процедуром утврђеном од стране Националног ИПА координатора; учествовање у изради/ажурирању плана јавних набавки за одобрене пројекте; припрема релевантне пројектнo-техничке документације и управљање стратешким пројектима за подршку спровођењу макрорегионалних стратегија ЕУ у којима је партнер Министарство за европске интеграције; организација и координација предлагања чланова Одбора за евалуацију тендерских понуда и учешће у истим; учешће у релевантним одборима за праћење програма; административни и припремни послови у вези са тендерском документацијом, као и са надзором и спровођењем уговорених обавеза од стране уговарача; израда и подношење извештаја о спровођењу пројеката и чувању неопходне документације ради спровођења поступка ревизије; обављање контроле и потврђивање исправности наративних извештаја у вези са спровођењем пројеката, укључујући и контролу на лицу места; учешће у процесима који су у вези са стручним усавршавањем државних службеника у Одељењу; спровођење мера за успостављање, функционисање и одрживост индиректног система управљања фондовима ЕУ у складу са релевантним процедурама; учешће у процесима који су у вези са стручним усавршавањем државних службеника у Одељењу, као и други послови из ове области који се односе на спровођење билатералних и донаторских пројеката из надлежности Министарства.