У Одсеку за припрему, спровођење и праћење спровођења пројеката који се финансирају из фондова Европске уније обављају се послови који се односе на: идентификацију и формулацију пројеката за коришћење средстава из фондова ЕУ из делокруга Министарства; предлагање пројеката у складу са процедуром утврђеном од стране Националног ИПА координатора; усклађивање предлога пројеката са техничким захтевима, програмским и секторским приоритетима; припрему релевантне пројектне документације; неопходне активности како би средства за национално суфинансирање била на време обезбеђена; учешће у релевантним одборима за праћење програма; старање о испуњавању захтева у вези са видљивошћу ИПА програма; организацију, обављање и контролу спровођења пројеката који су одобрени за финансирање из фондова ЕУ у складу са релевантним процедурама; припрему релевантне тендерске документације; учествовање у изради/ажурирању плана јавних набавки; организацију и координацију предлагања чланова одбора за евалуацију понуда на тендеру; административне и припремне послове, везане за тендерску документацију као и за надзор, спровођење уговорених обавеза од стране уговарача; израду и подношење извештаја о спровођењу и чувању неопходне документације ради спровођења поступка ревизије; обављање контроле и потврђивање исправности рачуна за плаћање везаних за спровођење пројеката, укључујући и контролу на лицу места; извештавање о спровођењу пројеката финансираних из фондова ЕУ; спровођење мера за успостављање, функционисање и одрживост децентрализованог система управљања фондовима ЕУ у складу са релевантним процедурама; као и други послови из ове области.