Sektorom za programe prekogranične i transnacionalne saradnje i saradnju sa organima i organizacijama na lokalnom i regionalnom nivou radi efikasnijeg korišćenja fondova rukovodi pomoćnik ministra Mihajilo Dašić.
U Sektoru za programe prekogranične i transnacionalne saradnje i saradnju sa organima i organizacijama na lokalnom i regionalnom nivou radi efikasnijeg korišćenja fondova obavljaju se poslovi koji se odnose na: učešće u uspostavljanju institucionalne strukture upravljanja, sprovođenja i sistema kontrole programa evropske teritorijalne saradnje u kojima učestvuje Republika Srbija: programi prekogranične saradnje sa Bosnom i Hercegovinom, Crnom Gorom, BJR Makedonijom, Mađarskom, Rumunijom, Bugarskom i Hrvatskom i programi transnacionalne saradnje Dunav i Jadransko-jonski; saradnju sa institucijama nadležnim za uspostavljanje indirektnog upravljanja; određivanje zajedničkih tela programa za Republiku Srbiju; pripremu, upravljanje, praćenje i izveštavanje o programima; učešće u aktivnostima Republike Srbije na pripremi i sprovođenju EU makroreginalnih strategija (Dunavske strategije i Jadransko-jonske strategije); učešće u odabiru prioriteta programa u skladu sa prioritetima Republike Srbije; učešće u nadzoru nad sprovođenjem programa uključujući imenovanje članova Zajedničkih odbora za praćenje programa (ZOP) ispred Republike Srbije; učešće u radu ZOP; obuku i koordinaciju rada srpskih predstavnika u ZOP; učešće u nadzoru nad radom predstavništva Zajedničkog sekretarijata, info tačke, nacionalne kontakt tačke i pridružene kancelarije programa na teritoriji Republike Srbije obuhvaćenoj programom, u skladu sa pravilima utvrđenim programom; uspostavljanje Zajedničkih tehničkih sekretarijata (ZTS) i učešće u nadzoru nad njihovim radom u skladu sa pravilima programa; učešće u identifikaciji strateških projekata u saradnji sa nadležnim domaćim i institucijama partnerskih zemalja; učešće u pripremi i nadzor nad sprovođenjem projekata tehničke pomoći u saradnji sa nadležnim institucijama partnerskih zemalja, kao i obezbeđivanje sredstava za sufinansiranja i predfinansiranja projekata tehničke pomoći iz budžeta Republike Srbije koje sprovodi Ministarstvo; praćenje sprovođenja ciljeva programa, procenu uticaja doprinosa projekata na razvojne procese na teritorijama obuhvaćenim programima kao i na celoj teritoriji Republike Srbije; osiguravanje osnivanja i rada Žalbene komisije za postupanje po prijavama korisnika bespovratnih sredstava na utvrđene neprihvatljive troškove prvostepene kontrole na teritoriji Republike Srbije, kao i Komisije za nepravilnosti; koordinacijom procesa povraćaja sredstva u slučaju neopravdano isplaćenih ili neutrošenih sredstava korisnika za programe sa članicama EU; razvoj strategije informisanja i promocije programa, kao i nadzor nad njenim sprovođenjem; stvaranje uslova za dalji razvoj programa; pripremu i praćenje sporazuma, ugovora i drugih pravnih akata relevantnih za programe evropske teritorijalne saradnje i usklađivanje nacionalnih propisa vezanih za sprovođenje programa evropske teritorijalne saradnje sa propisima EU i praćenje i analizu sporazuma između zemalja uključenih u programe; učešće u radu međunarodnih tela, organizacija i asocijacija ispred Republike Srbije koje se bave pitanjima teritorijalne saradnje; uspostavljanje sistema upravljanja i kontrole za drugi cilj evropske kohezione politike; učešće u radu grupe za regionalne politike i koordinaciju strukturnih instrumenata; saradnja sa lokalnim i regionalnim institucijama; učešće u izradi strateških dokumenata vezanih za lokalni i regionalni razvoj, kao i drugi poslovi iz ove oblasti.
Za obavljanje poslova iz delokruga Sektora za programe prekogranične i transnacionalne saradnje i saradnju sa organima i organizacijama na lokalnom i regionalnom nivou radi efikasnijeg korišćenja fondova obrazuju se sledeće uže unutrašnje jedinice:
1. Odeljenje za planiranje, uspostavljanje i nadzor nad sistemom upravljanja programa prekogranične i transnacionalne saradnje i koordinaciju makroregionalnih strategija EU;
2. Odsek za podršku rukovodiocu Operativne strukture i Nacionalnog tela;
3. Grupa za saradnju sa organima i organizacijama na lokalnom i regionalnom nivou radi efikasnijeg korišćenja fondova.