Сектором за програме прекограничне и транснационалне сарадње и сарадњу са органима и организацијама на локалном и регионалном нивоу ради ефикаснијег коришћења фондова руководи помоћник министра Михајило Дашић.
У Сектору за програме прекограничне и транснационалне сарадње и сарадњу са органима и организацијама на локалном и регионалном нивоу ради ефикаснијег коришћења фондова обављају се послови који се односе на: учешће у успостављању институционалне структуре управљања, спровођења и система контроле програма европске територијалне сарадње у којима учествује Република Србија: програми прекограничне сарадње са Босном и Херцеговином, Црном Гором, БЈР Македонијом, Мађарском, Румунијом, Бугарском и Хрватском и програми транснационалне сарадње Дунав и Јадранско-јонски; сарадњу са институцијама надлежним за успостављање индиректног управљања; одређивање заједничких тела програма за Републику Србију; припрему, управљање, праћење и извештавање о програмима; учешће у активностима Републике Србије на припреми и спровођењу ЕУ макрорегиналних стратегија (Дунавске стратегије и Јадранско-јонске стратегије); учешће у одабиру приоритета програма у складу са приоритетима Републике Србије; учешће у надзору над спровођењем програма укључујући именовање чланова Заједничких одбора за праћење програма (ЗОП) испред Републике Србије; учешће у раду ЗОП; обуку и координацију рада српских представника у ЗОП; учешће у надзору над радом представништва Заједничког секретаријата, инфо тачке, националне контакт тачке и придружене канцеларије програма на територији Републике Србије обухваћеној програмом, у складу са правилима утврђеним програмом; успостављање Заједничких техничких секретаријата (ЗТС) и учешће у надзору над њиховим радом у складу са правилима програма; учешће у идентификацији стратешких пројеката у сарадњи са надлежним домаћим и институцијама партнерских земаља; учешће у припреми и надзор над спровођењем пројеката техничке помоћи у сарадњи са надлежним институцијама партнерских земаља, као и обезбеђивање средстава за суфинансирања и предфинансирања пројеката техничке помоћи из буџета Републике Србије које спроводи Министарство; праћење спровођења циљева програма, процену утицаја доприноса пројеката на развојне процесе на територијама обухваћеним програмима као и на целој територији Републике Србије; осигуравање оснивања и рада Жалбене комисије за поступање по пријавама корисника бесповратних средстава на утврђене неприхватљиве трошкове првостепене контроле на територији Републике Србије, као и Комисије за неправилности; координацијом процеса повраћаја средства у случају неоправдано исплаћених или неутрошених средстава корисника за програме са чланицама ЕУ; развој стратегије информисања и промоције програма, као и надзор над њеним спровођењем; стварање услова за даљи развој програма; припрему и праћење споразума, уговора и других правних аката релевантних за програме европске територијалне сарадње и усклађивање националних прописа везаних за спровођење програма европске територијалне сарадње са прописима ЕУ и праћење и анализу споразума између земаља укључених у програме; учешће у раду међународних тела, организација и асоцијација испред Републике Србије које се баве питањима територијалне сарадње; успостављање система управљања и контроле за други циљ европске кохезионе политике; учешће у раду групе за регионалне политике и координацију структурних инструмената; сарадња са локалним и регионалним институцијама; учешће у изради стратешких докумената везаних за локални и регионални развој, као и други послови из ове области.
За обављање послова из делокруга Сектора за програме прекограничне и транснационалне сарадње и сарадњу са органима и организацијама на локалном и регионалном нивоу ради ефикаснијег коришћења фондова образују се следеће уже унутрашње јединице:
1. Одељење за планирање, успостављање и надзор над системом управљања програма прекограничне и транснационалне сарадње и координацију макрорегионалних стратегија ЕУ;
2. Одсек за подршку руководиоцу Оперативне структуре и Националног тела;
3. Група за сарадњу са органима и организацијама на локалном и регионалном нивоу ради ефикаснијег коришћења фондова.