U Odeljenju za kontrolu projekata finansiranih iz programa evropske teritorijalne saradnje sa članicama EU obavljaju se poslovi koji se odnose na: kancelarijske i terenske kontrole, uključujući kontrolu javnih nabavki, vidljivosti projekta i horizontalnih principa, u skladu sa domaćim i EU propisima i standardima; izdavanje sertifikata o ispravnosti troškova; izradu i unapređenje relevantnih nacionalnih procedura i programskih dokumenata; prijavljivanje sumnje na nepravilnosti nadležnom državnom organu; saradnju sa relevantnim organima državne uprave i drugim telima na nivou pojedinačnih programa; organizovanje obuke korisnika iz Republike Srbije u vezi sa pravilima izveštavanja i prihvatljivosti troškova; učestvovanje u sprovođenju projekata tehničke pomoći; pripremu izveštaja; vođenje evidencije o sprovedenim kontrolama; administriranje nepravilnosti; osiguravanje osnivanja i rada Komisije za nepravilnosti; vođenje registra o nepravilnostima, pružanje podrške u prevenciji, detekciji i izveštavanju o nepravilnostima u skladu sa procedurama programa u deljenom upravljanju; učešće u procesima koji su u vezi sa stručnim usavršavanjem državnih službenika u Odeljenju, kao i drugi poslovi iz ove oblasti.
Za obavljanje poslova iz delokruga Odeljenja za kontrolu projekata finansiranih iz programa evropske teritorijalne saradnje sa članicama EU obrazuju se sledeće uže unutrašnje jedinice:
1. Grupa za kontrolu projekata u okviru programa prekogranične saradnje sa Mađarskom i Hrvatskom;
2. Grupa za kontrolu projekata u okviru programa prekogranične saradnje sa Rumunijom i Bugarskom;
3. Grupa za kontrolu projekata u okviru Programa transnacionalne saradnje Dunav i programa međuregionalne saradnje;
4. Grupa za kontrolu projekata u okviru Jadransko-jonskog programa transnacionalne saradnje i programa međuregionalne saradnje i
5. Grupa za administriranje nepravilnosti.