U Sektoru za programe evropske teritorijalne saradnje obavljaju se poslovi koji se odnose na: učešće u uspostavljanju institucionalne strukture upravljanja, sprovođenja i sistema kontrole programa evropske teritorijalne saradnje u kojima učestvuje Republika Srbija, i to programa prekogranične saradnje sa Bosnom i Hercegovinom, Crnom Gorom, Republikom Severnom Makedonijom, Mađarskom, Rumunijom, Bugarskom i Hrvatskom, programa transnacionalne saradnje Jadransko-jonski i Dunavski region, i programa međuregionalne saradnje URBAKT, INTERREG Evropa i ESPON: saradnju sa institucijama nadležnim za uspostavljanje sistema indirektnog upravljanja fondovima EU; poslove Upravljačkog organa za programe prekogranične saradnje sa Crnom Gorom, Bosnom i Hercegovinom i Republikom Severnom Makedonijom u indirektnom upravljanju; upravljanje programima prekogranične saradnje koji se sprovode u indirektnom upravljanju; nadzor nad rezultatima rada Posredničkog tela za finansijsko upravljanje, kao i prvostepene kontrole/kontrolnog tela; izradu i dostavljanje Nacionalnom službeniku za odobravanje godišnjih izjava o upravljanju za prethodnu finansijsku godinu za programe koji su u njegovoj nadležnosti, uključujući i godišnje finansijske izveštaje; određivanje zajedničkih tela programa u Republici Srbiji; programiranje, upravljanje, praćenje i izveštavanje o programima; učešće u aktivnostima Republike Srbije na pripremi i sprovođenju EU makroregionalnih strategija (Strategija EU za Dunavski region i Strategija EU za Jadransko-jonski region); učešće u odabiru prioriteta programa u skladu sa prioritetima Republike Srbije; učešće u nadzoru nad sprovođenjem programa uključujući imenovanje članova Zajedničkih odbora za praćenje programa (ZOP) ispred Republike Srbije; učešće u radu ZOP; obuku i koordinaciju rada srpskih predstavnika u ZOP; uspostavljanje i učešće u nadzoru nad radom predstavništva Zajedničkog sekretarijata (ZS), info tačke, nacionalne kontakt tačke i pridružene kancelarije programa na teritoriji Republike Srbije obuhvaćenoj programom, u skladu sa pravilima utvrđenim programom; uspostavljanje Zajedničkih tehničkih sekretarijata (ZTS) i nadzor nad njihovim radom u skladu sa pravilima programa; učešće u identifikaciji strateških projekata u saradnji sa nadležnim domaćim i institucijama partnerskih zemalja; učešće u pripremi i nadzor nad sprovođenjem projekata tehničke pomoći u saradnji sa nadležnim institucijama partnerskih zemalja, kao i obezbeđivanje sredstava za sufinansiranja i predfinansiranja projekata tehničke pomoći iz budžeta Republike Srbije koje sprovodi Ministarstvo; praćenje sprovođenja ciljeva programa, procenu uticaja doprinosa projekata na razvojne procese na teritorijama obuhvaćenim programima, kao i na celoj teritoriji Republike Srbije; osiguravanje osnivanja i rada Žalbene komisije za postupanje po prijavama korisnika bespovratnih sredstava na neprihvatljive troškove utvrđene od strane prvostepene kontrole/kontrolnog tela na teritoriji Republike Srbije, kao i pružanje stručne podrške u radu Komisije za nepravilnosti; koordinaciju procesa povraćaja sredstva u slučaju neopravdano isplaćenih ili neutrošenih sredstava korisnika za programe sa članicama EU; razvoj strategije informisanja i promocije programa, kao i nadzor nad njenim sprovođenjem; stvaranje uslova za dalji razvoj programa; pripremu i praćenje sporazuma, ugovora i drugih pravnih akata relevantnih za programe evropske teritorijalne saradnje i usklađivanje nacionalnih propisa vezanih za sprovođenje programa evropske teritorijalne saradnje sa propisima EU, kao i praćenje i analizu sporazuma između zemalja uključenih u programe; učešće u radu međunarodnih tela, organizacija i asocijacija ispred Republike Srbije koje se bave pitanjima teritorijalne saradnje; uspostavljanje sistema upravljanja i kontrole za drugi cilj Kohezione politike EU; učešće u radu grupe za regionalne politike i koordinaciju strukturnih instrumenata; učešće u izradi strateških dokumenata vezanih za lokalni i regionalni razvoj; učešće u procesima koji su u vezi sa stručnim usavršavanjem državnih službenika u Sektoru, kao i drugi poslovi iz ove oblasti.
Za obavljanje poslova iz delokruga Sektora za programe evropske teritorijalne saradnje obrazuju se sledeće uže unutrašnje jedinice:
1. Odeljenje za programe prekogranične saradnje sa kandidatima za članstvo u EU;
2. Odeljenje za programe prekogranične i transnacionalne saradnje sa članicama EU i
3. Odeljenje za programe međuregionalne saradnje, teritorijalne strategije i sistem upravljanja i kontrole za programe sa članicama EU.